L'absis de l'església del Convent de Sant Francesc (Gravat de J. Vehil publicat al llibre Las casas de religiosos en Cataluña durante el primer tercio del siglo XIX. 1906. Gaietà Barraquer)
*1730's.- Emplaçament del Convent de Sant Francesc (en vermell) darrera mateix de la Muralla del Mar en un plànol de les antigues Drassanes. (Plànol de G.Verboom. Arxiu Històric de la Ciutat de Barcelona)
Superposició de la planta del Convent de Sant Francesc sobre un plànol amb la urbanització actual de la zona. Es poden apreciar els tres claustres que va arribar a tenir el conjunt. (Font: Monestirs de Catalunya. http://www.monestirs.cat/monst/monestir.htm)
L'orde franciscana hi va aixecar una primera església entre 1236 i 1240; i uns anys després (el 1247) van començar a construir-hi l'església definitiva que fou completada el 1297, tot i que ja havia estat consagrada el 1276. El claustre de l'església, per la seva banda, va ser començat el 1275 i no es va acabar fins a mitjans del segle XIV. Era de planta quadrada amb dos pisos d'alçada i més tard (segle XVI) se n'hi afegiria un tercer.
En aquest convent es van celebrar els capítols generals de l'orde (1313 i 1317). L'església acollia sovint funerals i cerimònies d'enterrament de molts nobles i membres de la família reial. Entre els membres de la realesa hi destaquen les despulles del rei Alfons el Franc, de les reines Constança de Sicília, Maria de Xipre, Sibil·la de Fortià i Elionor d'Aragó (que era consort de Pere I de Xipre), del comte Jaume I d'Urgell així com d'alguns prínceps. Totes les restes reials van ser traslladades a la Catedral en desparèixer el convent.
El conjunt es va anar ampliant successivament a partir del segle XVI amb un segon claustre per dependències secundàries i entrat el segle XVIII se'n va construir un tercer. En els seus últims anys va funcionar com a caserna (1822), hi varen tornar els franciscans (1834) i s'hi va instal.lar un hospital (1834). Finalment, l'any 1835, el convent va ser desamortitzat i després de dos anys de funcionar com a presó fou enderrocat. Dissortadament no se'n va conservar cap part i així desaparegué llastimosament una de les obres més valuoses de l'arquitectura gòtica catalana. A l'espai que quedà lliure s'hi aixecaren alguns edificis d'habitatges i s'obrí la plaça del Duc de Medinaceli. El claustre major estava decorat amb una sèrie de vint olis de grans dimensions que narren la vida de Sant Francesc d'Assís, una de les millors obres d'Antoni Viladomat i Manalt. Els quadres van ser retirats del convent per la Reial Acadèmia Catalana de Belles Arts de Sant Jordi i avui els podem veure al Museu Nacional d'Art de Catalunya /(MNAC).